網傳馬太鞍溪未清疏，經濟部水利署表示，經查並不符事實，過去10年水利署第九河川分署及花蓮縣政府依需求疏濬，共已完成約235萬立方公尺，該河川段也經持續監測及調查，適時採取管理及治理作為，並無怠忽職守情事。
水利署透過新聞稿說明，依河川管理辦法第45條第1項規定，中央管河川的疏濬，得由當地直轄市或縣（市）政府擬訂計畫書報經該河川管理機關核定後許可辦理。
水利署指出，114年已許可花蓮縣政府採公共造產機制，共同推動疏濬45萬立方公尺；水利署第九河分署也於馬太鞍溪堰塞湖形成後，為河道通暢兼顧兩岸安全並預留土砂容納空間，積極辦理河道清疏共10.84萬立方公尺。
水利署補充，對於花蓮縣政府共同推動疏濬的許可，已因天然災害發生、為加速馬太溪土方去化而廢止，後續由水利署動員全國各河川所屬單位全力投入疏濬工作，截至11月2日，水利署已疏濬133萬立方公尺，未來疏濬作業以河防安全優先，維護民眾生命財產為首要，全力以赴加緊趕辦。
針對網路所提「光復三號堤防未修復才導致災害」，水利署澄清，水利署第九河川分署依於113年10月底颱風康芮後發現光復三號堤防局部損壞須辦理改善，已積極進行復建，並於114年7月15日修復完成。該段堤防於此次堰塞湖災害前堤防結構完整，也經全面檢查功能正常，並無因堤防損壞未修而致潰堤。
水利署指出，經第三方公證單位全國水利技師公會進行評估，此次堰塞湖災害屬極端複合型土砂天災，災害主因為洪峰流量極端超標，此次實際洪峰高達每秒8860立方公尺，已超過馬太鞍溪設計流量每秒2040立方公尺4倍以上。
水利署進一步說，另洪水夾帶巨量土砂與巨石，巨大衝擊力，對橋梁、堤防造成破壞，而橋梁破壞後，橋面板堆積於河道，阻礙通洪並抬升水位，高流量及阻水效應，導致全河段多處溢流，最後致使堤防損壞。
水利署表示，馬太鞍溪河段治理、防洪維護及防災整備從未鬆懈。此次災害為極端氣候下的天然事件，水利單位已依程序落實各項預防及應變措施，後續並將持續推動復建及流域整體檢討，確保河防安全。
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